Действие происходит в Нью-Йорке. В городской канализации живет четверка братьев-черепашек. Вследствие мутации, обычные животные превратились в сильных и умных существ, в совершенстве изучающих боевые искусства. Они используют свои силы для борьбы с преступниками, которые в больших количествах бродят по улицам мегаполиса. Недавно, они победили лидера Клана Футов. При содействии отважных героев, полиция смогла арестовать неуловимого злодея и посадить его за решетку. Для Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэля наступили спокойные времена. Но их всех гложет одна проблема. Каждый из братьев мечтает жить на поверхности и не стесняться собственного облика. Во время Хэллоуина, Майки выходит на улицу и попадает на парад. Все окружающие люди воспринимают его внешний вид, как удачный костюм. Герой понимает, что мир еще не готов принять их в реальном облике. Тем временем, Эйприл снова ввязывается в журналистское расследование. Она становится свидетелем готовящегося преступления. Профессор Стокман, ранее сотрудничавший с Кланом Фут, планирует вызволить давнего друга из заключения любой ценой. Что бы предотвратить это, она обращается за помощью к друзьям, с которыми познакомилась во время прошлогодних событий.
